音樂學科系為音樂學生提供全面的課程，主要科目包括供文憑、高等文憑和學位課程修讀的音樂歷史、理論、分析和聽音技巧。而修讀深造文憑、學位和專業文憑的學生更可選修一系列的科目，例如世界音樂、爵士樂即興演奏法、音樂與香港社會等。學系採取綜合教學法，課程的設計和內容均盡量依學生的表演活動而編制，不論在音樂歷史、人民音樂學、音樂理論及聽音訓練方面均由專長和資深的老師負責教導。